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대학 내 '창업 인큐베이터'인 창업보육센터에 대해 지방자치단체가 재산세를 부과할 수 없다는 첫 법원 판단이 나왔다. 최근 들어 지자체들이 본격적으로 대학 창업보육센터에 재산세를 부과하고 있는 가운데 이번 판결이 나와 대학들이'재산세 전쟁'에서 새로운 전기를 맞이할 것으로 보인다.

서울고법 행정8부(부장판사 장석조)는 학교법인 한국산업기술대학이 "교내 창업보육센터에 부과한 재산세 1억1500만여 원 등을 취소하라"며 시흥시장을 상대로 낸 소송에서 사실상 원고 패소인 1심을 깨고 원고 승소로 판결했다고 26일 밝혔다. 이는 2004년 전남과학대학이 광주시와 창업보육센터의 '취득세 부과' 소송에서 패한 뒤 대학이 지자체를 이긴 첫 사례다. 연세대는 재산세 부과에 불복해 조세심판원에 심판을 청구했으나 받아들여지지 않은 바 있다. 학교법인 한국산업기술대학 산하 한국산업기술대(이하 산기대)와 경기과학기술대(경기과기대)는 각각 1999년 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정된 뒤 2004년 교내 산학협력단을 설립했다.

시흥시는 당초 산학협력단의 토지와 건물을 학교용으로 보고 재산세를 매기지 않았다가 별도 법인인 산학협력단이 사용하는 것을 확인하고 2011년에 5년치 재산세 1억1500만여 원을 부과했다.

1심 재판부는 "창업보육센터로 쓰이는 부동산은 학교법인이 소유하고 있으므로 재산세 부과는 적법하다. 시흥시가 부과한 3700만여 원의 농어촌특별세만 취소하라"며 사실상 시흥시 손을 들어줬다.

하지만 2심 재판부는 "해당 부동산은 학교법인 정관의 목적사업인 '산학협력'을 위한 창업보육센터 운영에 사용됐으므로 교육사업 자체에 직접 사용됐다고 봐야 한다"며 "재산세 부과 처분을 취소하라"고 판단했다.

재판부는 "학교 측이 센터 입주자들로부터 성공기금을 받기도 했으나 수령 여부가 불투명한 성공기금 수익을 목적으로 센터를 운영하진 않았을 것"이라고 덧붙였다. 판결에 불복한 시흥시의 상고로 재판결과는 대법원에서 최종 결정될 예정이다.

학교 측을 대리한 법무법인 영진 이상욱 변호사는 "산기대 법인이 1심에서 시흥시에 패소한 사실이 알려지면서 전국에서 세금 부과가 줄을 이은 것으로 안다"며 "하지만 2심에서 학교 측이 승소하면서 추이를 지켜보던 다른 대학들도 적극 반격에 나설 수 있게 됐다"고 말했다. 한국창업보육협회에 따르면 올해 들어 재산세가 부과된 대학은 전국 280여 곳 가운데 74곳으로, 총 납부금액은 7억3500만여 원에 달한다. 일부 대학은 재산세 부담으로 창업보육센터 사업권 반납을 검토하고 있는 실정이었다.

문제는 지난 3월 대통령 주재로 열린 규제개혁 장관회의에서 대학 창업보육센터를 교육시설로 인정하고, 재산세를 100% 감면하기로 정했으나 부처 간 이견으로 제자리걸음을 한 것이다.

계형산 한국창업보육협회장(목원대 교수)은 "센터 내 5500여 개 입주 기업이 1만7000여 명의 고용과 1조6000억여 원의 매출을 창출하는데 고작 세금 수십억 원을 걷기 위해 정부가 연간 300억원씩 투자해 온 창업보육 사업을 죽일 셈이냐"고 말했다.

[이현정 기자] [ⓒ 매일경제 & mk.co.kr, 무단전재 및 재배포 금지]